従業員の労働時間はどう把握すればよいでしょうか？

労働基準法では労働時間や残業に対する割増賃金についてルールを設けられています。
そのため使用者には労働時間を適正に把握する必要があります。

労働時間の把握は、原則として使用者による現認、もしくはタイムカードやICカードによる記録、PCの起動ログなど客観的な方法を用いることとされています。

また、その記録については3年間の保存が義務付けられています。
保存形態についての指定はありませんが、紛失もしくは消失しないよう留意して保存しておく必要があります。

＜以下引用＞
労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置
○ 使用者は、労働者の労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、適正に記録すること
（１） 原則的な方法
・ 使用者が、自ら現認することにより確認すること
・ タイムカード、ＩＣカード、パソコンの使用時間の記録等の客観的な記録を基礎として 確認し、適正に記録すること
（２） やむを得ず自己申告制で労働時間を把握する場合
① 自己申告を行う労働者や、労働時間を管理する者に対しても自己申告制の適正な運用等ガイドラインに基づく措置等について、十分な説明を行うこと
② 自己申告により把握した労働時間と、入退場記録やパソコンの使用時間等から把握した在社時間との間に著しい乖離がある場合には実態調査を実施し、所要の労働時間の補正をすること
③ 使用者は労働者が自己申告できる時間数の上限を設ける等適正な自己申告を阻害する措置を設けてはならないこと。さらに36協定の延長することができる時間数を超えて労働しているにもかかわらず、記録上これを守っているようにすることが、労働者等において慣習的に行われていないか確認すること

＜以下引用＞
　使用者は、労働者名簿、賃金台帳のみならず、出勤簿やタイムカード等の労働時間の記録に関する書類について、労働基準法第109条に基づき、３年間保存しなければならないこと。

参考：https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11200000-Roudoukijunkyoku/0000187488.pdf